[강동형 칼럼] 중소기업 취업자 소득세 감면, 90% 전에 볼 4가지

[파이낸셜리뷰] 청년 직원을 새로 채용하면 근로계약서와 4대보험, 급여대장부터 챙기게 된다. 그런데 첫 급여를 지급하기 전에 한 가지를 더 확인할 필요가 있다. 바로 중소기업 취업자 소득세 감면이다. 이 제도는 청년이라는 이유만으로 곧바로 90%를 적용하는 방식이 아니다. 직원이 대상인지, 회사가 적용 가능한 중소기업체인지, 신청 절차가 맞는지를 순서대로 보아야 한다.

직원 요건과 회사 요건을 함께 본다

조세특례제한법 제30조에 따르면 청년은 근로계약 체결일 현재 15세 이상 34세 이하가 기본이며, 병역을 이행했다면 최대 6년까지 나이에서 빼고 판단한다. 청년은 취업일부터 5년간 소득세의 90%를 감면받을 수 있고 과세기간별 한도는 200만 원이다. 60세 이상인 사람, 장애인, 경력단절 근로자는 원칙적으로 3년간 70%가 적용된다. 현행법상 적용 대상 취업기한은 2026년 12월 31일까지다. 직원 요건만 맞는다고 끝나는 것도 아니다. 회사가 중소기업에 해당하는지, 감면 대상 업종을 주된 사업으로 하는지도 확인해야 하며, 임원, 최대주주와 그 배우자 및 일정한 친족, 일용근로자 등은 제외될 수 있다. 예컨대 제조업 법인이 28세 직원을 채용했더라도 근로계약서상 취업일과 병역기간, 회사의 주된 업종이 감면 대상인지를 함께 보아야 한다. 중소기업확인서가 있다고 감면이 자동으로 적용되는 것도 아니다. 조세특례제한법 시행령 제27조에서 정한 업종 요건을 따로 본다. 직함만으로 판단해서도 안 된다. 국세청 예규 서면-2025-원천-0307(2025. 3. 25.)은 '전무'라는 명칭만으로 임원이라 단정하지 않고 실제 맡은 직무를 보고 판단해야 한다고 설명했다.

신청은 직원이, 제출은 회사가

절차는 어렵지 않다. 근로자는 취업월의 다음 달 말일까지 감면신청서를 회사에 제출하고, 회사는 요건을 확인한 뒤 신청받은 달의 다음 달 10일까지 감면 대상 명세서를 세무서에 제출한다. 회사는 신청서를 받은 달의 다음 달부터 감면율을 반영해 원천징수한다. 예를 들어 10월 7일에 입사했다면 근로자는 원칙적으로 11월 말일까지 신청서를 내야 한다. 병역기간을 빼야 한다면 병적증명서 등의 자료도 함께 확인하는 것이 좋다.

신청이 늦어도 포기할 필요는 없다

국세청 해석 원천세과-428(2012. 8. 17.)은 신청기한이 지난 뒤 신청서를 제출하더라도 요건을 충족하면 감면을 적용할 수 있다고 보았다. 다만 늦어도 된다는 뜻은 아니다. 신청이 미뤄지면 급여와 연말정산을 다시 정리해야 할 수 있다. 이미 퇴직한 근로자는 조세특례제한법 제30조 제2항에 따라 주소지 관할 세무서장에게 직접 신청할 수 있다.

잘못 적용하면 105%를 추가 징수한다

대상이 아닌 직원을 감면 처리했다가 부적격 통지를 받으면 회사가 다시 원천징수해야 할 수 있다. 조세특례제한법 제30조 제5항은 부족하게 징수한 세액 합계액의 105%를 추가로 원천징수하도록 정하고 있다. 따라서 나이만 보고 적용하기보다 취업일, 병역기간, 회사 업종, 임원·주주와의 관계까지 한 번에 확인해 두는 것이 안전하다.

입사 시점에 확인할 네 가지

새 직원이 들어오면 첫째 취업일과 나이·병역기간, 둘째 회사의 중소기업 및 업종 요건, 셋째 임원·최대주주 등 제외 대상 여부, 넷째 신청서와 제출기한을 확인해야 한다. 입사할 때 이 네 가지를 점검해 두면 급여를 몇 달 지급한 뒤 다시 고치는 일을 줄일 수 있다. 이 감면은 급여에서 숫자 하나를 줄이는 일이 아니다. 직원에게는 실수령액과 연결되고 회사에는 원천징수와 연말정산 업무로 이어진다. 그래서 필자는 감면율보다 적용할 사람인지, 적용할 회사인지, 서류가 제때 들어왔는지를 순서대로 확인한다. 처음부터 맞춰 두는 것이 가장 깔끔하다.

강동형 세무사 약력

現 강동형 세무회계 사무소 대표 세무사

(주)세원정공 재경팀 근무(자동차 부품회사)

(주)SMP 재무팀 근무(석유화학 회사)

현대중공업터보기계(주) 재무팀 근무(조선엔진 펌프 제조)